در گذشته، برای رفع دغدغه‌های مالی دانشجویان دکترا روزانه، پژوهانه به صورت بلاعوض اختصاص می‌یافت، اما از فروردین 1393 پژوهانه جای خود را به وام ویژه دکتری داد که در آن زمان از سمت صندوق رفاه دانشجویی به دانشگاه ها ابلاغ شد. مطابق شیوه نامه ای که در سایت دانشگاه ها قرار گرفته بود، وام مذکور به صورت قرض الحسنه 4 درصد از طریق بانک توسعه تعاون یا از طریق صندوق رفاه معرفی شد.
از ابتدای سال 95 اداره رفاه در دانشگاه های مختلف با این توجیه که هیچ تفاوتی بین وام گرفتن از بانک و صندوق رفاه وجود ندارد و وام بانک در هر نوبت، به میزان سیصد هزار تومان بیشتر از وام صندوق است و دوره تنفس بیشتری نیز دارد. بسیاری از دانشجویان را ترغیب به وام گرفتن از بانک نمود. در مهر 1396 و برای دانشجویان ورودی 96 صندوق تمامی دانشجویان خواهان وام را به بانک توسعه تعاون جهت تشکیل پرونده معرفی نمود و اعلام کردند که دیگر وظیفه این وام به طور کلی به بانک توسعه تعاون واگذار شده است. اما پس از گذشت یکسال و از ابتدای سال 97 مجدد کلیه روال وام به اداره رفاه برگشت، ولی دانشجویی که حتی یکبار از بانک وام گرفته بود دیگر حق برگشت به وام صندوق را نداشت.